Wolverine se unió a los X-Men en 1975, pero no fue hasta años más tarde que Marvel reveló la verdadera razón, algo que horrorizó al profesor Xavier.
Wolverine se unió a los X-Men porque había sido asignado para matar a Charles Xavier. En 1975, Marvel Comics relanzó los X-Men. Presentaron al equipo Second Genesis, un grupo nuevo e internacional que incluía a Tormenta que era afroamericana, a Fuego Solar que era japonés, a Coloso de Rusia, a Banshee de Irlanda y a Logan de Canadá. Los nuevos X-Men pronto se convirtieron en uno de los cómics mejor vendidos de Marvel.
Wolverine fue el más popular de los nuevos X-Men. El malhumorado canadiense tenía un atractivo irresistible, en gran parte debido a la escritura inteligente de Chris Claremont. Bajo Claremont, Logan se caracterizó por su lucha interna para retener su humanidad frente a un deseo crudo de derramamiento de sangre. Algo sobre esa batalla resonó entre los lectores, y no pasó mucho tiempo antes de que Wolverine se convirtiera en uno de los héroes más importantes de Marvel.
Pero, ¿por qué un lobo solitario se unió a los X-Men en primer lugar? En 2008, los escritores Mike Carey y Daniel Way lanzaron el evento X-Men «Original Sin» (Pecado Original). Esto comenzó revelando que a Wolverine se le había asignado una misión. Su trabajo consistía en ganarse la confianza del profesor Xavier y luego asesinarlo.
En ese momento, Logan estaba trabajando como agente del Departamento H, una rama secreta del gobierno canadiense preocupada por asuntos sobrehumanos.
Se habían dado cuenta de los poderes telepáticos de Charles Xavier, y no creían en sus afirmaciones de altruismo e idealismo. Por lo tanto, el Departamento H diseñó una prueba de campo para Wolverine, enviándolo a enfrentarse a Hulk en un momento en que sabían que Xavier estaba escaneando el mundo en busca de nuevos reclutas para sus X-Men. La clásica pelea entre Wolverine y Hulk, la primera aparición de Wolverine en los cómics, fue un cebo. Xavier quedó impresionado y lo reclutó. En el momento en que los dos estuvieron solos, Wolverine intentó matar al profesor.
El Departamento H había subestimado el poder de Xavier. Pudo detener a Logan con una explosión psíquica, y junto a Moira MacTaggert encarcelaron al mutante mientras decidían qué hacer con él. Xavier se dio cuenta de que Wolverine estaba haciendo lo que había sido programado para hacer, y decidió borrar la programación. Pero esto también hizo que borrara sus recuerdos. Xavier pasó la siguiente década afirmando que ayudó a Wolverine a recuperar su memoria, pero en realidad probablemente no se esforzó particularmente, porque habría temido el posible regreso del condicionamiento. Irónicamente, cuando Wolverine recuperó todos sus recuerdos después de «House of M», decidió que estaba agradecido por las acciones de Xavier. Después de todo, Xavier había tomado un animal y lo había convertido en un superhéroe, un miembro de los X-Men y los Vengadores.
