Temiendo que Spider-Man se quiebre, Nick Fury pone en marcha planes para quitarle el poder o, si es necesario, matar a Peter Parker antes de que sea demasiado tarde.
Nick Fury es el director de SHIELD y comandante de los Ultimates, así que debe estar atento no solo a los problemas actuales, sino también a cualquier situación futura. Después de haber estado atento a Spider-Man durante algún tiempo, Nick en un momento creyó que Peter Parker finalmente se había roto y comenzó a esbozar un plan para despojar, contener y, si es necesario, matarlo antes de convertirse en el próximo gran supervillano.
Elaborando un plan en las sombras, los eventos dentro de la enorme historia de «Clone Saga» le dieron una razón a Nick Fury para poner en movimiento su plan de contención. Eso se sumó a las abrumadoras circunstancias con las que Spider-Man estaba lidiando en ese momento.
En la serie Ultimate Spider-Man, del escritor Brian Michael Bendis y el artista Mark Bagley, Peter Parker y Nick Fury mantuvieron una relación mutuamente beneficiosa. Desafortunadamente, esa relación se volvió tensa después de la historia de «Hobgoblin», en la que Spider-Man golpeó a Fury cuando el director de SHIELD ignoró sus preguntas sobre su antiguo mejor amigo, Harry Osborn. Molesto, Fury le dijo a su gente que quería la fórmula OZ, que les dio a Peter y Norman Osborn sus poderes, calculada para que pudieran crear una cura que eliminaría los poderes de Peter para siempre.
En la historia de «Silver Sable», Fury y Iron Man se enfrentan a Phineas Mason, también conocido como Tinkerer, quien acepta trabajar para Fury en lugar de ir a la cárcel. Parte de ese trabajo significó entregar toda su tecnología, especialmente el ominoso robot Slayer.
En la enorme historia de «Clone Saga», Fury se entera que los clones ilegales de Peter Parker comenzaron a aparecer.
Esta nueva situación se convierte en una oportunidad para contener la situación. Así que aparece en la casa de Peter en Queens con un enorme ejército de agentes blindados de SHIELD y robots diseñados para ser los cazadores de Spider-Man. Estas armas fueron desarrolladas a partir de la tecnología de Phineas Mason. Mientras que la presencia de Fury hace que el clon de Gwen Stacey se transforme en Carnage y ataque, la comunicación de Mason con Fury revela que los Spider-Slayers fueron construidos «para matar a Spider» y sus armas habían sido calibradas para atacar el ADN de sus objetivos. Cuando Peter ataca a Fury con la esperanza de calmar la situación y salvar a su tía moribunda, las explosiones de los Spider-Slayers derriban a Parker. Por eso Fury le advierte de que su tiempo como Spider-Man había terminado.
Cuando Fury y sus fuerzas se enfrentaron a Spider-Man y sus clones más tarde en las ruinas de Oscorp, se revela que el verdadero cerebro de la situación es Otto Octavius, el viejo enemigo de Peter cuyo trabajo creó los clones. Mientras que uno de los centinelas de Fury se vio obligado a matar a uno de los clones, Fury se negó a recibir órdenes de Octavius e hizo que sus soldados y los Spider-Slayers se fueran para que Peter y los clones pudieran tener una conversación con el ex Doctor Octopus. Cuando todo estaba dicho y hecho, Fury todavía quería arrestar y detener a Peter. Algunos héroes lo respaldaron, pero siguió chocando con los Cuatro Fantásticos convencidos de la inocencia de Peter.
Por suerte Mary Jane Watson pudo convencer a Nick Fury de que Spider-Man no era culpable y el gran jefe de SHIELD admitió que estaba equivocado.
